Учет по ОМС на УСН: особенности бухгалтерского и налогового учета медицинских организаций в 2026 году

Медицинские организации, работающие в системе обязательного медицинского страхования (ОМС), сталкиваются с более сложным бухгалтерским учетом по сравнению с большинством компаний на упрощенной системе налогообложения (УСН). Несмотря на применение специального налогового режима, деятельность таких организаций регулируется не только Налоговым кодексом РФ, но и законодательством в сфере здравоохранения и обязательного медицинского страхования.

Особенность заключается в том, что медицинская организация получает финансирование за оказанные медицинские услуги не напрямую от пациентов, а через систему ОМС. При этом многие клиники одновременно оказывают и платные медицинские услуги. Это требует грамотной организации бухгалтерского и налогового учета, а также ведения раздельного учета различных видов деятельности.

Ошибки при отражении поступлений, оформлении первичных документов или распределении расходов могут привести к претензиям со стороны налоговых органов, страховых медицинских организаций, территориальных фондов обязательного медицинского страхования (ТФОМС) и других контролирующих органов.

В этой статье подробно разберем особенности учета по ОМС при применении УСН, рассмотрим порядок признания доходов и расходов, правила организации раздельного учета, примеры бухгалтерских проводок, распространенные ошибки и практические рекомендации для медицинских организаций.

Что такое обязательное медицинское страхование (ОМС)

Обязательное медицинское страхование — это государственная система финансирования медицинской помощи, которая обеспечивает гражданам получение бесплатных медицинских услуг в рамках программы государственных гарантий.

Взаимодействие участников системы выглядит следующим образом:

1. гражданин получает медицинскую помощь;
2. медицинская организация оказывает услуги;
3. страховая медицинская организация проверяет объем и качество оказанной помощи;
4. ТФОМС перечисляет денежные средства за оказанные услуги.

Таким образом, источником поступления денежных средств являются не пациенты, а страховые организации и территориальные фонды обязательного медицинского страхования.

Для бухгалтерии это означает необходимость правильного оформления реестров оказанных услуг, контроля поступлений денежных средств и своевременного отражения операций в бухгалтерском и налоговом учете.

Какие медицинские организации могут работать по ОМС

Участвовать в системе обязательного медицинского страхования могут как государственные, так и частные медицинские организации, соответствующие установленным требованиям законодательства.

Наиболее распространенными участниками системы являются:

• многопрофильные медицинские центры;
• стоматологические клиники;
• диагностические центры;
• лаборатории;
• реабилитационные центры;
• поликлиники;
• специализированные медицинские учреждения.

Для работы по ОМС организация должна иметь соответствующую лицензию на медицинскую деятельность, быть включенной в систему обязательного медицинского страхования и заключить необходимые договора.

Особенности учета по ОМС при применении УСН

Применение упрощенной системы налогообложения не освобождает медицинскую организацию от обязанности вести бухгалтерский учет и соблюдать специальные требования, связанные с деятельностью по ОМС.

Основными особенностями являются:

• необходимость правильного признания доходов;
• ведение раздельного учета различных видов деятельности;
• контроль использования денежных средств;
• своевременное оформление первичных документов;
• соблюдение требований учетной политики.

Признание доходов при УСН

Организации на УСН применяют кассовый метод признания доходов. Это означает, что доход возникает не в момент оказания медицинской услуги, а в день фактического поступления денежных средств на расчетный счет или в кассу организации.

• Например, если медицинская помощь была оказана в мае, а денежные средства поступили от страховой медицинской организации только в июне, доход для целей УСН признается именно в июне.

Такой порядок значительно упрощает налоговый учет, однако требует постоянного контроля банковских выписок и правильного распределения поступлений.

Учет расходов

Если медицинская организация применяет УСН с объектом налогообложения «доходы минус расходы», она вправе уменьшить налоговую базу только на расходы, предусмотренные налоговым законодательством.

Наиболее распространенными расходами являются:

• заработная плата медицинского персонала;
• страховые взносы;
• аренда помещений;
• коммунальные платежи;
• закупка медикаментов;
• приобретение расходных материалов;
• обслуживание медицинского оборудования;
• услуги связи;
• лицензионное программное обеспечение;
• банковское обслуживание.

Каждый расход должен быть документально подтвержден и экономически обоснован.

Раздельный учет при оказании платных медицинских услуг

Большинство современных медицинских центров одновременно работают по программе обязательного медицинского страхования и оказывают платные медицинские услуги. Именно поэтому особое значение приобретает организация раздельного учета.

Раздельный учет позволяет определить:

• доходы от деятельности по ОМС;
• доходы от коммерческой деятельности;
• расходы, относящиеся к каждому виду деятельности;
• общие расходы, подлежащие распределению.

Отсутствие раздельного учета может привести к искажению бухгалтерской отчетности и возникновению вопросов со стороны проверяющих органов.

На практике рекомендуется заранее закрепить порядок распределения расходов в учетной политике организации.

Изменения законодательства в 2026 году, которые важно учитывать медицинским организациям на УСН

В 2026 году медицинским организациям, применяющим упрощенную систему налогообложения и работающим в системе обязательного медицинского страхования, рекомендуется регулярно отслеживать изменения налогового и бухгалтерского законодательства. Несмотря на то что базовые правила ведения учета по УСН существенно не изменились, продолжается развитие электронного документооборота, цифровых сервисов ФНС России и государственных информационных систем в сфере здравоохранения.

Особое внимание бухгалтерам медицинских организаций следует уделить следующим направлениям.

1. Продолжение цифровизации бухгалтерского учета

Федеральная налоговая служба продолжает развивать цифровое взаимодействие с налогоплательщиками. Большинство отчетности уже представляется исключительно в электронном виде, а обмен документами между организациями постепенно переходит в формат электронного документооборота (ЭДО).

Для медицинских организаций это означает необходимость:

• использовать квалифицированную электронную подпись;
• своевременно обновлять бухгалтерское программное обеспечение;
• контролировать корректность электронных документов;
• обеспечивать безопасное хранение электронного архива.

2. Повышенные требования к качеству первичной документации

Контролирующие органы уделяют все больше внимания правильности оформления первичных документов. Недостаточно только своевременно отразить хозяйственную операцию — необходимо подтвердить ее комплектом документов, содержащих все обязательные реквизиты, предусмотренные Федеральным законом № 402-ФЗ «О бухгалтерском учете».

Особенно это касается:

• договоров;
• актов выполненных работ;
• реестров оказанной медицинской помощи;
• платежных документов;
• документов по закупке медикаментов и медицинских изделий.

3. Контроль применения УСН

Организациям необходимо регулярно проверять соответствие критериям применения упрощенной системы налогообложения. При существенном росте бизнеса важно своевременно контролировать показатели, установленные налоговым законодательством, чтобы избежать непредвиденной утраты права на применение УСН.

Бухгалтеру рекомендуется не реже одного раза в квартал анализировать:

• доходы организации;
• остаточную стоимость основных средств;
• структуру бизнеса;
• изменения налогового законодательства.

4. Изменения по НДС для организаций на УСН

С 2025 года вступили в силу масштабные изменения, связанные с применением НДС организациями и индивидуальными предпринимателями на УСН. Эти правила продолжают действовать и в 2026 году.

Если доходы организации превышают установленный законодательством лимит, у нее может возникнуть обязанность исчислять и уплачивать НДС. При этом законодательством предусмотрены различные варианты применения общеустановленных или специальных ставок налога в зависимости от выбранного режима работы.

Медицинским организациям необходимо заранее оценивать влияние новых правил на налоговую нагрузку, особенно если клиника активно развивается и ежегодно увеличивает объем оказываемых услуг.

5. Повышенное внимание к внутреннему контролю

Одной из современных тенденций остается усиление внутреннего финансового контроля. Даже небольшим медицинским организациям рекомендуется разработать внутренние процедуры проверки правильности учета.

Регулярный внутренний контроль позволяет:

• своевременно выявлять ошибки;
• исключать дублирование документов;
• контролировать расчеты со страховыми медицинскими организациями;
• снижать вероятность налоговых доначислений;
• подготовиться к проверкам контролирующих органов.

Чек-лист бухгалтера медицинской организации, работающей по ОМС

Для удобства можно использовать следующий контрольный список.

Подведем промежуточный итог

Учет по ОМС при применении УСН требует не только знания налогового законодательства, но и понимания особенностей финансирования медицинской деятельности. Важно правильно организовать бухгалтерский и налоговый учет, своевременно оформлять первичные документы, вести раздельный учет при совмещении различных видов деятельности и регулярно контролировать изменения законодательства.

В 2026 году особое внимание следует уделять цифровизации документооборота, соблюдению требований Федерального закона № 402-ФЗ «О бухгалтерском учете», контролю критериев применения УСН и новым правилам по НДС, действующим для организаций на упрощенной системе налогообложения.

Если у вашей медицинской организации возникают вопросы по ведению учета по ОМС, специалисты нашей компании помогут организовать бухгалтерский учет в соответствии с действующим законодательством, подготовят необходимую отчетность, проведут налоговый анализ и обеспечат комплексное бухгалтерское сопровождение медицинского бизнеса.

Какие документы необходимы для учета по ОМС

Правильное оформление первичной документации является одним из ключевых условий ведения бухгалтерского учета медицинской организации. Даже если организация применяет упрощенную систему налогообложения, отсутствие необходимых документов может привести к спорам с налоговыми органами, страховыми медицинскими организациями или территориальным фондом обязательного медицинского страхования (ТФОМС).

В 2026 году большинство участников системы ОМС активно используют электронный документооборот, что значительно ускоряет обмен информацией между медицинской организацией, страховой компанией и ТФОМС. Однако независимо от формы документооборота все документы должны соответствовать требованиям законодательства о бухгалтерском учете.

В медицинской организации рекомендуется хранить следующие документы:

• договоры на оказание медицинской помощи в системе ОМС;
• договоры со страховыми медицинскими организациями;
• реестры оказанной медицинской помощи;
• акты сверки взаиморасчетов;
• банковские выписки;
• платежные поручения;
• кадровые документы;
• документы по начислению заработной платы;
• накладные на приобретение медикаментов;
• акты выполненных работ;
• договоры аренды;
• счета-фактуры (если организация совмещает различные налоговые режимы);
• внутренние регистры бухгалтерского учета.

Особое внимание следует уделять срокам хранения документов. В зависимости от их вида законодательством установлены различные сроки хранения, а кадровые документы могут подлежать хранению в течение нескольких десятков лет.

Бухгалтерский учет операций по ОМС

Хотя организации на УСН вправе применять упрощенные способы ведения бухгалтерского учета при соблюдении установленных критериев, они не освобождаются от обязанности отражать хозяйственные операции в бухгалтерском учете.

Конкретный порядок отражения операций зависит от учетной политики организации, используемого программного обеспечения и особенностей деятельности медицинского учреждения.

Наиболее распространенные хозяйственные операции представлены в таблице ниже.

Следует учитывать, что используемые счета бухгалтерского учета могут отличаться в зависимости от принятой учетной политики организации и характера конкретной хозяйственной операции.

Особенности налогового учета по ОМС при УСН в 2026 году

По состоянию на 2026 год медицинские организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, продолжают руководствоваться общими правилами главы 26.2 Налогового кодекса РФ. Доходы признаются кассовым методом, а расходы учитываются только после их фактической оплаты и при соблюдении условий, установленных налоговым законодательством.

При выборе объекта налогообложения «Доходы» налог рассчитывается только с полученных доходов. Если применяется объект «Доходы минус расходы», организация вправе уменьшить налоговую базу на подтвержденные расходы, входящие в закрытый перечень статьи 346.16 Налогового кодекса РФ.

В 2026 году бухгалтеру медицинской организации необходимо уделять особое внимание:

• своевременному признанию доходов;
• правильному оформлению первичных документов;
• документальному подтверждению расходов;
• ведению раздельного учета при наличии нескольких видов деятельности;
• соблюдению требований учетной политики.

Если медицинская организация одновременно оказывает услуги по ОМС и коммерческие медицинские услуги, рекомендуется регулярно проводить внутренние проверки правильности распределения расходов между направлениями деятельности.

Типичные ошибки при ведении учета по ОМС

Практика показывает, что большинство ошибок связано не со сложностью законодательства, а с неправильной организацией внутреннего учета.

Ошибка №1. Отсутствие раздельного учета

Если медицинская организация получает доходы как по программе обязательного медицинского страхования, так и от оказания платных медицинских услуг, отсутствие раздельного учета существенно осложняет подготовку отчетности и может привести к ошибкам при определении финансового результата.

Ошибка №2. Несвоевременное отражение поступлений

Иногда бухгалтер отражает доходы по дате подписания реестра оказанных услуг, хотя при УСН применяется кассовый метод. Доход должен быть признан после фактического поступления денежных средств.

Ошибка №3. Недостаточное документальное подтверждение расходов

Даже экономически обоснованные расходы не смогут уменьшить налоговую базу, если отсутствуют договоры, акты, накладные или платежные документы.

Ошибка №4. Несвоевременное обновление учетной политики

Изменение законодательства, расширение видов деятельности или внедрение новых бизнес-процессов требуют корректировки учетной политики организации.

Ошибка №5. Отсутствие внутреннего контроля

Регулярная сверка расчетов, контроль правильности оформления документов и проверка бухгалтерских регистров позволяют выявить большинство ошибок еще до проведения внешней проверки.

Как организовать учет по ОМС правильно

Эффективная организация бухгалтерского учета позволяет медицинской организации минимизировать налоговые риски, сократить количество ошибок и значительно упростить подготовку отчетности.

Для этого рекомендуется:

• утвердить подробную учетную политику;
• организовать раздельный учет по каждому виду деятельности;
• использовать современное бухгалтерское программное обеспечение;
• максимально перейти на электронный документооборот;
• регулярно проводить внутренние проверки;
• контролировать правильность оформления медицинской документации;
• проводить сверку расчетов со страховыми медицинскими организациями;
• своевременно отслеживать изменения законодательства.

Особенно важно учитывать изменения законодательства, вступающие в силу в течение года. Несмотря на то что общий порядок применения УСН остается стабильным, требования к бухгалтерскому учету, электронному документообороту, взаимодействию с государственными информационными системами и оформлению первичных документов регулярно актуализируются. Поэтому бухгалтеру медицинской организации рекомендуется постоянно отслеживать новые нормативные акты, письма Минфина России, ФНС России и разъяснения профильных ведомств.

Практический пример учета по ОМС при УСН

Рассмотрим условную ситуацию, которая поможет понять порядок отражения операций в бухгалтерском и налоговом учете.

Пример. Частная медицинская клиника применяет УСН с объектом налогообложения «Доходы минус расходы». Организация оказывает медицинские услуги как по программе обязательного медицинского страхования, так и на платной основе.

В течение месяца произошли следующие операции:

• от страховой медицинской организации поступило 2 450 000 рублей за оказанные услуги по ОМС;
• от пациентов получено 820 000 рублей за платные медицинские услуги;
• выплачена заработная плата медицинскому персоналу — 1 420 000 рублей;
• перечислены страховые взносы — 426 000 рублей;
• приобретены медикаменты и расходные материалы — 385 000 рублей;
• оплачена аренда помещения — 240 000 рублей.

При расчете налоговой базы бухгалтер должен:

1. Правильно определить дату признания каждого дохода по кассовому методу.
2. Проверить документальное подтверждение всех расходов.
3. Определить, какие расходы относятся к деятельности по ОМС, какие — к платным услугам, а какие являются общехозяйственными.
4. Распределить общие расходы согласно учетной политике организации.
5. Отразить операции в регистрах бухгалтерского и налогового учета.

Именно на этапе распределения общехозяйственных расходов бухгалтеры чаще всего допускают ошибки, поэтому порядок распределения рекомендуется заранее закрепить во внутренней учетной политике.

Как распределять общехозяйственные расходы

Если медицинская организация оказывает одновременно услуги по программе ОМС и платные медицинские услуги, часть расходов невозможно напрямую отнести к определенному виду деятельности.

К таким расходам относятся:

• аренда административных помещений;
• коммунальные услуги;
• заработная плата административного персонала;
• услуги связи;
• интернет;
• обслуживание серверов;
• лицензионное программное обеспечение;
• охрана помещений;
• канцелярские товары.

На практике медицинские организации чаще всего используют один из следующих способов распределения расходов:

Главное требование — выбранная методика должна быть экономически обоснованной, применяться последовательно и быть закреплена в учетной политике организации.

Автоматизация учета медицинской организации

Количество документов в медицинских организациях ежегодно увеличивается. Помимо бухгалтерских документов, необходимо вести медицинскую документацию, кадровый учет, электронный документооборот со страховыми медицинскими организациями и государственными информационными системами.

Поэтому в 2026 году большинство клиник используют специализированные информационные системы, которые позволяют:

• автоматически формировать реестры оказанных медицинских услуг;
• обмениваться документами в электронном виде;
• вести бухгалтерский и налоговый учет;
• контролировать начисление заработной платы;
• учитывать медикаменты и расходные материалы;
• формировать обязательную отчетность.

Автоматизация значительно снижает вероятность ошибок, ускоряет подготовку отчетности и облегчает взаимодействие с контролирующими органами.

Когда медицинской организации стоит передать бухгалтерию на аутсорсинг

По мере развития бизнеса нагрузка на бухгалтерию увеличивается. Помимо стандартного учета необходимо контролировать расчеты со страховыми медицинскими организациями, своевременно сдавать отчетность, сопровождать проверки и учитывать изменения законодательства.

Передача бухгалтерского учета специализированной компании особенно выгодна в следующих случаях:

• клиника только начинает работу по программе ОМС;
• отсутствует главный бухгалтер с опытом работы в медицинской сфере;
• необходимо восстановить бухгалтерский учет;
• планируется расширение сети медицинских центров;
• организация одновременно работает по ОМС и оказывает платные услуги;
• необходимо снизить налоговые риски.

Часто задаваемые вопросы

Можно ли применять УСН при работе по ОМС?

Да. Законодательство не запрещает медицинским организациям, соответствующим установленным критериям применения УСН, работать в системе обязательного медицинского страхования.

Нужно ли вести раздельный учет?

Если организация оказывает только услуги по ОМС, необходимость в раздельном учете обычно отсутствует. Если одновременно оказываются платные медицинские услуги, раздельный учет рекомендуется организовать и закрепить его порядок в учетной политике.

Когда признаются доходы по ОМС при УСН?

Доходы признаются по кассовому методу — на дату фактического поступления денежных средств на расчетный счет медицинской организации.

Можно ли учитывать расходы на приобретение медицинского оборудования?

Да, но порядок учета зависит от стоимости оборудования, срока его полезного использования и требований главы 26.2 Налогового кодекса РФ.

Что чаще всего проверяют контролирующие органы?

Проверяется правильность оформления первичных документов, ведение раздельного учета, корректность отражения доходов и расходов, а также соблюдение требований законодательства и условий договоров в системе ОМС.

Резюме

Ведение учета по обязательному медицинскому страхованию при применении УСН требует комплексного подхода. Бухгалтеру необходимо учитывать особенности финансирования медицинской деятельности, правильно отражать доходы и расходы, своевременно оформлять первичные документы и организовать раздельный учет при совмещении деятельности по ОМС и оказании платных медицинских услуг.

Грамотно организованный бухгалтерский учет помогает медицинской организации избежать налоговых рисков, успешно проходить проверки, получать своевременное финансирование и сосредоточиться на основной задаче — оказании качественной медицинской помощи пациентам.

Если ваша медицинская организация работает по программе обязательного медицинского страхования и вы хотите быть уверены в правильности бухгалтерского учета, наши специалисты готовы взять на себя полное бухгалтерское сопровождение. Мы поможем организовать учет в соответствии с требованиями законодательства, подготовим отчетность, обеспечим налоговую безопасность и окажем профессиональную поддержку при взаимодействии с контролирующими органами.